En 1802 Napoléon I organise le culte catholique. Le pragmatique Cardinal de Belloy Morangle accepte les conditions de l'Empereur et l'église Saint Louis devient paroisse en remplacement de l'église Saint Paul qui a été détruite en 1797. 

 

15 janvier 1803 : le conseil de fabrique de la paroisse Saint Louis demande à l'archevêque de Paris que soit accolé le nom de Saint Paul à celui de Saint Louis, en mémoire de l'antique chapelle et paroisse Saint Paul des Champs, laquelle depuis le 7ème siècle avait accueilli la prière des chrétiens du quartier. La paroisse Saint Paul Saint Louis était relevée.

1815-1830 : début de restauration de l'intérieur de l'église. 

 

1830 - 1831 : pillage pendant les Trois Glorieuses.

1854 : restauration de l'église par Baltard ; construction du maître autel et décors des chapelles latérales.

 

1870 - 1871 : pillage pendant la commune de Paris

 

2012 : rénovation de la façade par la Ville de Paris

 

2015 : rénovation du lanternon par la Ville de Paris 

2017 : début de la campagne de restauration des vitraux par mécénat avec la Fondation pour l'Avenir du patrimoine à Paris et la Fondation Sainte Opportune. De 2017 à 2022 l'ensemble des baies basses et les oculus du transept ont été restaurés. En 2023 nous restaurerons les petits vitraux situés dans les tribunes de l'église et commenceront le relevage du grand orgue.