12 janvier 1580 Le cardinal de Bourbon, oncle d’Henri IV, achète l'hôtel de La Rochepot et le donne à la Compagnie de Jésus fondée à Paris en 1539 par Ignace de Loyola. Ils construisent une 1ère chapelle St-Louis où est baptisée la marquise de Sévigné en 1626.
7 mars 1627 Louis XIII, accompagné du 1er archevêque de Paris, Jean-François de Gondi, pose la première pierre de l’actuelle église St-Louis.
6 décembre 1637 : Louis XIII visite Mme de Lafayette au couvent Sainte-Marie (rue Saint Antoine) : elle l'encourage à se rapprocher de la reine. Il passe par Saint Louis et rencontre son confesseur. Retenu par un orage, il s'arrête et dort au Louvre avec la reine Anne d'Autriche. Neuf mois plus tard, le 5 septembre 1638 Louis-Dieudonné (Louis XIV) voit le jour à Saint Germain en Laye.
9 mai 1641 La première messe est célébrée à St-Louis par le Cardinal de Richelieu en présence de Louis XIII.
1643 : le coeur de Louis XIII est déposé dans l'église Saint Louis.
2 juillet 1676 Dédicace de la chapelle Saint Louis par François Faure, évêque d'Amiens.
1715 : le coeur de Louis XIV est déposé dans l'église Saint Louis
1764 : Les Jésuites sont expulsés de France par Louis XV. La chapelle St-Louis est confiée au couvent Sainte Catherine, situé alors sur la place du marché Sainte Catherine mais qui est détruit. Ils démontent le maître autel des Jésuites, aménagent le choeur (banc de communion en marbre et stalles) et apportent les monuments funéraires de leur église.
1789 : Début de la Révolution. La Bastille est détruite.
1791 : Le clergé de Saint-Paul refuse de signer la constitution civile du clergé. Cinq prêtres seront décapités. Les chanoines de Sainte Catherine sont dispersés. La chapelle St-Louis sert alors de dépôt aux œuvres d’art et livres récupérés dans les différents lieux de culte du quartier qui sont pillés, vendus ou détruits.
1793 Robespierre prêche à St-Louis le culte de la Raison contre l’athéisme hébertiste en 1793. Il meurt guillotiné le 28 juillet 1794.
1802 Napoléon Ier choisit l'église Saint Louis comme église paroissiale du Marais suite à la destruction de l'église Saint Paul pendant la Révolution.